南山居琼州之南，山高五百余米，形似巨鳌，古称鳌山，实为观音菩萨慈航普渡坐骑之相也。山势迤逦叠翠，丘陵环抱，祥云缭绕，气象万千。面朝南海，碧波千叠，晴光万重，浪激石音，水映天色，实有海天佛国，菩萨摄受一切众生之势。鉴于广大信众要求，天时地利人和，时际因缘成熟，经阮崇武先生倡议，中国国务院宗教局、中国佛教协会同意，海南省人民政府于1993年（佛历2537年）正式批准兴建南山寺，先后又批准在寺侧兴建南山佛教文化苑，在寺前海中塑有高108米的巨型观音铜像。山之毗邻，左为天涯海角，右为大东海，盖“大生态、大文化、大环保”之大悲大曼荼罗也。琼州历来有观音出巡南海之说。南山侧望之东瑁西瑁二岛【玳瑁岛】，相传即观音挑土老祖宗遗迹，唐天宝年间，律宗祖师鉴真曾五次东渡日本受阻，登陆南山弘法，得观音菩萨护持，第六次东渡成功。其后，日本遣唐僧东密祖师弘法大师西来求法，亦为台风阻至南山，得观音加持，经泉州至长安求法成就。
南山寺占地四百亩，仿唐风格，建有仁王殿、大雄宝殿、东西配殿、钟鼓楼、转轮藏、法堂、禅堂、斋堂、观音院、方丈院、悲田院等，依山就势，错落有致，庄严肃穆，清净幽雅。入其境也，正如《华严经·入法界品》所说：“泉流萦映，树林蓊郁，香草柔软，右旋布地，观自在菩萨于金刚宝石上结跏趺坐，无量菩萨皆坐宝石，恭敬围绕，而为宣说大慈悲法”。此真观音菩萨说法之大道场也。南山寺于佛历2539年（1995年）十一月十一日奠基动工，建设者真心诚意，费尽周祥，为时两年半，大雄宝殿、兜率内院、仁王殿大功初成，中国佛教协会会长赵朴初居士亲笔题写“南山寺”和“海天丛林”。
