位于台湾海峡与海坛海峡之间。台湾海峡，位于北太平洋西侧台湾岛与大陆之间，是中国最大的海峡。平潭处于台湾海峡北端西侧。海峡呈东北—西南走向，长约440公里，系亚洲大陆板块的一部分，因第三纪末第四纪初断裂陷落而形成。地势大致自西向东倾斜，海底阶地、峡谷、浅滩和水道等地貌形态多样。
海峡南北端较深，北部一般在100米左右，南部可达400～600米；中南部(东山至澎湖一带)较浅，约40米左右，有的仅10米。海峡底层蕴藏丰富的石油及砂矿资源。
海峡两岸都有河川注入，水质肥沃，生物资源丰富，已查明硅藻类有594种、浮游桡足类211种、底栖生物约500种，为鱼类繁殖和渔场形成提供优越环境。由于海峡地处太平洋西部北航线的要冲，交通方便，有利于两岸港口的对外交往。
海坛海峡，在福州市东南，因处大陆与海坛岛之间，故名。南北长约40公里，宽3.3～10公里。两侧海岸曲折，多港湾岬角。水深一般5～30米，中部有5米以下浅水区，可航宽度在300～3000米之间。
海峡沿岸溪河注入有机物和浮游生物，适宜于发展海上养殖。由于是闽中海上交通要道，两侧均建有港口码头。平潭的苏澳港、竹屿港、娘宫港以及金井码头凭借海峡与福清、长乐、福州及江苏、浙江、广东等省沟通。
